經(jīng)清代三次擴(kuò)建，成為青海、甘肅藏區(qū)和內(nèi)蒙古一帶頗負(fù)盛名的藏傳佛教格魯派寺院。主殿是多吉強(qiáng)殿（金剛持之意），其次是格爾袞殿（多吉強(qiáng)護(hù)法）、嘛尼殿、卻典拉章（塔爾殿）、德松桑吉殿（萬(wàn)歲殿）、措欽堆康（大經(jīng)堂）、池康（禪僧殿）、瓊拉昂（鸞王殿）等，均規(guī)模宏大、富麗堂皇。此還建有外地活佛昂欠多處。據(jù)藏文史籍記載，清康熙時(shí)，達(dá)賴六世被統(tǒng)治西藏的蒙古和碩特首領(lǐng)拉藏汗廢黜后，在云游途中曾于妙因寺后的宣化寺下榻，得到當(dāng)?shù)佤斖了镜臒崆橄啻�，他在這里宏揚(yáng)佛法，被稱為達(dá)寶佛。寺內(nèi)原設(shè)扎倉(cāng)（學(xué)院）兩處，分別研習(xí)佛教哲學(xué)和密宗學(xué)科，培養(yǎng)了一批高僧，還曾邀請(qǐng)松巴佛、土觀佛、華銳饒布薩等著名學(xué)者來(lái)此寺講學(xué)，使妙因寺成為連結(jié)西藏、內(nèi)蒙古兩地紐帶上的一顆明珠。該寺原為永登縣所屬寺院，1956年連同賽什斯等地劃歸天祝縣。該寺的宗教儀式和節(jié)日主要有每年正月間的毛蘭木法會(huì)（祈愿法會(huì)），據(jù)說(shuō)這是達(dá)賴六世自拉薩介紹過(guò)來(lái)的。正月初八、初九兩天，東大寺、西大寺、古城寺三寺僧人集于妙因寺，舉行盛大的宗教活動(dòng)，在此期間，內(nèi)蒙古、青海、蘭州、天祝和本地的善男信女、商賈、游客絡(luò)繹不絕，蜂擁而至，香火極盛，熱鬧非凡。該寺在1958年時(shí)雖遭到一些破壞，但其建筑和寺內(nèi)文物、壁畫等基本保存完好。1983年重新開(kāi)放，現(xiàn)有僧徒4人。