衙門由南到北依次排列著有大照壁、牌樓、儀門、提督軍門、東西廂堂、大堂、如意門、燕喜堂、朝陽門、東西配樓、祖先堂和大庫房等建筑組成的六組院落。院落與院落間利用地勢由南向北逐漸抬升，突出展現(xiàn)了衙門森嚴(yán)威儀的氣勢。衙門東側(cè)配置書院、二堂、寢院等多重院落及花園，西側(cè)列置山門、萬歲殿、禪僧殿、德爾經(jīng)堂、大經(jīng)堂等。三組建筑高低錯落，深邃威嚴(yán)，朱甍碧瓦，氣勢恢宏，堪稱我國土司衙門建筑中的杰作。妙因寺各殿中保存有大量壁畫、磚雕。其中保存在萬歲殿西側(cè)暗廊墻壁上的明代早期佛傳故事畫，較完整地講述了乘象入胎，肋下降生、宮闈生活、逾城出家、覺悟得道、初轉(zhuǎn)法輪、雙林入滅等故事。筆觸細(xì)膩，人物造型及情景描繪生動逼真。德爾經(jīng)堂兩側(cè)山墻及后墻上鑲嵌的精美磚雕，各以對應(yīng)的三間金柱為分割點(diǎn)，作出三面影壁，上端施仿木結(jié)構(gòu)挑檐、垂柱等，海棠池內(nèi)作仿木四斜球紋格子窗，下部飾須彌座。其仿木額枋、須彌座上下檻及中部窗根子間，分別嵌飾瑞獸、花鳥、藏文吉祥語、暗 “八寶”和神態(tài)各異的佛、菩薩、羅漢以及云雷紋、饕餮紋等。魯土司衙門舊址對研究我國土司制度史、西北民族史等，都具有十分重要的意義。