歸元寺由北院、中院和南院三個各具特色的庭院組成，擁有藏經(jīng)閣、大雄寶殿、羅漢堂三組主要建筑，占地面積17500多平方米。北院的主要建筑是藏經(jīng)樓，是一座兩側(cè)五開間的樓閣式建筑，高約25米，頂為大脊，魚角搬爪，飛栱飛檐，古樸玲瓏；當面為四柱通天，雙鳳朝陽，五龍戲珠。整個建筑精巧壯觀，金碧輝煌。這里藏有許多佛教文物，除藏經(jīng)外，還有佛像、法物、石雕、書畫碑帖及外文典籍，是國內(nèi)收藏佛像較多的一個佛寺。1935年太虛法師出訪緬甸時，仰光的佛教徒贈他一尊1噸多重的玉石雕成的釋迦牟尼佛像，就供奉在這里。這種佛像在我國只有三尊，其他二尊分別列供于北京和上海。藏經(jīng)閣里收藏的佛經(jīng)有：清代《龍藏》一部，宋代影印本《磧砂藏》一部，清末民初上海印《頻伽藏》一部。另外還有兩件珍品：一是清光緒元年(1875)，湖南衡山69歲老人李舜千書寫的“佛”字�！胺稹弊质窃陂L寬不超過6寸的紙上，由《金剛經(jīng)》和《心經(jīng)》原文共5424個字組成。每個字只有芝麻大，肉眼分辨不清。用30倍放大鏡看，筆力挺秀，是書法珍品。另一件是武昌僧人妙榮和尚刺血調(diào)和金粉抄成的《華嚴經(jīng)》和《法華經(jīng)》，字體娟秀，堪稱精品。

　　南院的主體建筑是羅漢堂，始建于清道光年間，咸豐二年(1852)毀于兵災，光緒二十一年(1895)重建，1902年完成，至今有二百年歷史。民間有句諺語：上有寶光(成都)，下有西園(蘇州)，北有碧云(北京)，中有歸元(武漢)。是說這四個寺院的五百羅漢堂是最具代表性的，是佛教塑像的精華。中國漢地佛教供奉五百羅漢是從五代時開始的。當時，吳越王錢氏在天臺山方廣寺造五百銅羅漢。五百羅漢的名號，最早見于五代的《復齋碑錄》，惜今已不存。另有南宋紹興四年(1134)，高道素所錄《江陰軍乾明院羅漢尊號碑》，將五百羅漢一一起名造姓。歸元寺的羅漢堂布局成“田”字型。四個小天井給龐大深邃的殿堂提供了良好的通風和采光條件。羅漢依“田”字排列，殿堂里盡管安放了五百多尊塑像，卻沒有擁擠之感。這種建筑格局既巧妙又合理。這里的五百羅漢是湖北黃陂縣王代父子用九年時間塑成的。黃陂至今是湖北的雕塑之鄉(xiāng)，有悠久的泥塑傳統(tǒng)，技藝嫻熟，藝人輩出。據(jù)《歸元叢林羅漢碑記》，歸元寺的五百羅漢，是以南岳衡山祝圣寺的五百羅漢石刻拓本為依據(jù)，進行加工提煉，創(chuàng)造而成的。工藝上采用“脫胎漆塑”，又稱“金身托沙塑像”。先用泥胎塑成模型，然后用葛布生漆逐漸沾巾套塑，稱為漆布空塑，最后飾以金粉。它的特點是抗潮濕，防蟲蛀，經(jīng)久不變。兩百年間羅漢堂幾次受水災侵襲，但水退后羅漢仍完好無損。