北宋紹圣年間（1094-1097年），住持道靜募化在巖前建寺，初名“石室?guī)r精舍”；崇寧五年（1106年），為了紀(jì)念妙應(yīng)祖師開(kāi)山功德，朝廷賜額更名“妙應(yīng)寺”。元至正九年（1349年），遭受火災(zāi)，翌年住持道泰重建。明成化年間（1465-1487年）又遭火患，寺宇夷為平地，厥后遺址盡被灌木林莽所覆蓋。隆慶三年（1569年）冬，里中進(jìn)士陳經(jīng)邦為母卜葬于巖下，夜宿臨時(shí)搭蓋的茅舍，忽聞虎嘯于舍外，翌日命人尋至虎穴，以火焚之，草木樹(shù)林隨之焚盡，古剎基址顯露無(wú)遺。陳經(jīng)邦登巖觀眺，發(fā)現(xiàn)此處風(fēng)光秀麗，感慨不已，迨其官至禮部尚書(shū)之時(shí)，有感于妙應(yīng)祖師庇佑，于明萬(wàn)歷五年（1577年）倡議大興土木，重建佛殿，并在寺后建造北極玄天上帝殿，以取水制火（北方屬水），從而開(kāi)了此山佛、仙同居之先河。后又陸續(xù)增建大士殿、祖師殿、八仙閣、山門和香積寮等，恢復(fù)古剎舊觀。陳經(jīng)邦退休之后還在山上建造別墅，課子讀書(shū)。他為石室?guī)r撰寫的碑記至今尚存。明清奕代，幾經(jīng)重修，并增建“凌云別殿”。最后一次修葺則在晚清光緒丁酉年（1897年），邑人進(jìn)士劉尚文為記。爾后乃為城中梅峰寺下院，幾十年間，盛衰更迭。20世紀(jì)80年代由達(dá)山法師主持石室?guī)r各項(xiàng)工作。90年代妙敬法師率眾全面重建。

　　石室?guī)r風(fēng)光宜人，文物豐富。巖前一片參天古樹(shù)，郁郁蔥蔥，相映成趣，把山門環(huán)境營(yíng)造得更加深邃、清幽。史載北宋之時(shí)便有“石浮屠五級(jí)，今圮”。明代在石塔舊址上重建現(xiàn)存的七層方形磚塔，中留通孔，人稱“天井”。每層原有的木構(gòu)回欄式塔檐雖因年久脫落無(wú)存，然其無(wú)檐磚塔古樸莊嚴(yán)的形象，卻也富有獨(dú)特的立圖案感。寺后伏虎巖遺址之上有一塊巨石，宛若巨舌從山腰向前吐出伸向巖頂，俗稱龍舌石。石上古榕盤根錯(cuò)節(jié)，綠蔭蔽天，周圍還有海印洞、空觀石、卓錫泉、虎源等諸勝景。而被古人列為“莆陽(yáng)二十四景”之一的“石室藏?zé)煛保ㄒ喾Q“石室松煙”），更是婦孺皆知的石室?guī)r獨(dú)特景觀。歷代文人高士留下不少描繪此一奇觀的詩(shī)詞佳句。此外，巖北1公里許的智泉寺和彌陀精舍，舊時(shí)乃為石室?guī)r下院，景象亦佳。