1986年至1988年，莆田縣在文物普查中，發(fā)現(xiàn)了這座湮滅了幾百年的寺院遺址，經(jīng)過認(rèn)真發(fā)掘，發(fā)現(xiàn)了5個刻有“僧兵”、“諸羅漢浴煎茶散”等文字的北宋石槽。史載，只有少林寺才能冠之以“僧兵”二字。據(jù)此，經(jīng)國家文物局批準(zhǔn)，1990年12月，福建省考古隊對九蓮山寺院遺址進(jìn)行考古發(fā)掘，出土了“真覺大師革隹堤之塔、林泉院、天佑”唐代石刻和“長興四年歲次癸巳正月”等字樣的南唐陶質(zhì)鴟尾等珍貴的歷史文物。

　　1992年4月25日，南少林遺址論證會暨重建莆田九蓮山南少林寺新聞發(fā)布會在北京人民大會堂舉行。1998年12月8日，九蓮山南少林寺重建工程竣工，開始向海內(nèi)外開放。1993年6月4日，福清市文史工作者經(jīng)過一一番努力，在東張鎮(zhèn)少林村找到南少林遺址。此后三年多時間，經(jīng)考古工作者調(diào)查、考證和考古發(fā)掘，取得得各種資料證實：位于福清市東張鎮(zhèn)少林村的少林遺址是與史籍記載相符的福建少林寺，即歷史上俗稱的南少林。這個重大成果，已在1996年11月15日的“福清南少林寺遺址發(fā)掘和研究成果報告會”上，得到全國各地二十多名專家、學(xué)者的充分肯定。

　　南少林寺遺址位于莆田縣西天尾鎮(zhèn)九蓮山林山村，距市區(qū)約17公里。