寺院選建在雄渾而清幽的風(fēng)水形勝之地，沿著南向偏東的軸線布局，背倚羅漢山，前臨瞿曇河，面朝鳳凰山，遠(yuǎn)可望雪山，同自然環(huán)境有機(jī)和諧地融成一體。寺院原圍有土城，形勢(shì)險(xiǎn)固，可惜目前僅存殘?jiān)珨啾凇?/p>

　　瞿曇寺建筑組群劃分為前院、中院和后院三進(jìn)院落，中院和后院周匝廊廡；沿著中軸線序列山門、金剛殿、瞿曇殿、寶光殿和隆國(guó)殿；兩側(cè)對(duì)稱建有御碑亭、小鐘樓、小鼓樓、配殿、香趣塔和大鐘樓、大鼓樓等。其中，前區(qū)基本呈漢地佛寺“伽藍(lán)七堂”格局。后區(qū)巍峨壯麗，冠于全寺的隆國(guó)殿，兩翼有呈向上朝拱之勢(shì)連綴抄手斜廊，還有造型端莊的大鐘樓和大鼓樓對(duì)峙左右，則明顯仿自明代北京紫禁城的奉天殿(太和殿)和兩翼抄手斜廊以及文樓(體仁閣)、武樓(弘義閣)的布局意象，堪稱明清北京故宮的“活化石”。另外，主體建筑群東北，還有一組兩進(jìn)院的活佛住所即囊謙，為青海地區(qū)民居建筑風(fēng)格。

　　瞿曇寺的漢式建筑風(fēng)格十分典型，在類型眾多的藏傳佛教寺院中獨(dú)樹(shù)一幟，實(shí)際也是清代北京和承德等地大量興建的漢式藏傳佛教寺院的先聲。其基本完好的的建筑遺存，包括風(fēng)水格局、廊院、抄手斜廊、建筑彩畫(huà)、壁畫(huà)、御碑等等，為古代藝術(shù)、文物和建筑史等研究留下了具有重要價(jià)值的眾多珍貴實(shí)物資料，也成了為引人入勝的觀光旅游勝地。