祖祠始建于宋代，祀媽祖木室像，據(jù)《敕封天后志》載：“世傳祠內(nèi)室像，系異人妝塑，各處供奉之偈，皆不能及”。因祠內(nèi)前殿供大會供奉媽祖室像。額稱“天后祠”，后殿供奉圣父母及其先代牌位，額稱“林氏祖祠”，故尊為“天后祖祠”。明永樂十九年（1421年）祠壞，朝廷內(nèi)官司奉旨赴港整修致祭，稱“天妃祖祠”。清順治十八年（1661年）以對抗明鄭宮事行動，沿海截界清野，村人及媽祖室像內(nèi)遷涵江�？滴醵�十年（1681年）復界，祠已盡毀，裔侄孫麟火昌發(fā)起重建，向涵江人迎回媽祖室像，涵人拒之，雙方因請王交卜，得九十九圣王交，涵江人逐具船禮送室像還港�？滴醵�十三年，敕封天后。時祖祠受風吹蟻蝕、瓦漏墻傾，由臺灣鳳山縣教職林霈發(fā)起募捐，相地于祠址后山重建，至乾隆五十一年（1786年）九月建成。乾隆五十三年（1788年）奉圣春秋兩祭，載入禮典。1958年大煉鋼鐵運動中，祠夷為平地，室像賴村嫗搶救，得于幸存，1984年村民集資按原式重建，到1988年2月2日（農(nóng)歷丁卯年十二月十五日）舉行告竣大典。今祠內(nèi)保存宋代媽祖室像，清乾隆石刻碑記及附近的“媽祖故居”、“受符井”、“八封井”、“連礎(chǔ)面柱”等宋代文物。1989年辟為“莆田縣賢良港天后祖祠游區(qū)”，1991年福建省人民政府公布為省級文物保護單位。

　　近年來，臺灣等各地媽祖信徒來“螺港尋源、竭祖朝圣”的進香團、考察團絡(luò)繹不絕，并解囊資建“三門碑坊”、“鐘鼓樓”、“通賓閣”，使祠宇日臻完善、壯觀。