娘娘寨村區(qū)域內(nèi)的盆地、溶洞、山體發(fā)育在6億年前的海洋中沉積的厚達(dá)千米以上的燈影組白云巖、白云質(zhì)灰?guī)r中。由于歷經(jīng)澄山運(yùn)動(dòng)、加里東運(yùn)動(dòng)、海西運(yùn)動(dòng)、燕山運(yùn)動(dòng)、喜馬拉雅運(yùn)動(dòng)等強(qiáng)烈造山運(yùn)動(dòng)，巖層經(jīng)歷了強(qiáng)烈折皺、斷裂作用，巖石中的斷層和節(jié)里裂隙極為發(fā)育。在娘娘寨村落南部山體主要分布了震旦紀(jì)燈影組的石灰?guī)r和白云巖；北部分布了早震旦紀(jì)的紫紅色砂礫、巖礫巖和灰綠色紛砂巖等非碳酸鹽巖。根據(jù)世界自然遺產(chǎn)標(biāo)準(zhǔn)，經(jīng)中科院地理研究所專家組勘察認(rèn)定，娘娘寨村地質(zhì)文化在科學(xué)上具有普遍意義，其體量及屬性方面在世界上和國內(nèi)的地位非同尋常。尤其是娘娘寨黃仙洞至水沒坪洞內(nèi)邊石池大廳、鈣膜片邊壩、石將軍溶蝕石牙、三拱門地貌景觀是世界上地質(zhì)和地貌事件產(chǎn)生的典型事例，為世界地質(zhì)專家所矚目。

　　娘娘寨村有四大觀賞林——500畝楠竹、5000畝刺杉林、300畝楓林、250畝銀杏林。有9種國家級(jí)保護(hù)樹種——銀杏、香果樹、青檀、核桃、連香樹、鵝掌楸、厚樸、黃蓮、杜仲。有216棵古樹和2處古樹名木群落。成子寨古樹群落——主要是榔榆、樸樹、栗樹、黃蓮、柏樹。其中有榔榆89株，集中分布在古道觀周圍，樹齡皆在350年以上，有2株古榔榆樹齡達(dá)850年。大的直徑1.9米，小的也有1.3米，樹高都在20米以上。覃樹嶺古銀杏群落——分布數(shù)量達(dá)106株，樹齡皆在300年以上，其中千年銀杏有4棵，桿粗直徑約2米，華冠如巨傘。