莫爾佛塔遺址現(xiàn)有兩座殘存佛塔，其東南部有一組僧房遺址，坡下的沙地上有一排古代坎兒井，婉蜒排列約1公里，是當(dāng)年寺僧的水源。古寺院遺址下層的一段夾有燒為炭灰的木料，估計該寺院毀于一場大火。附近還出土不少石膏塑佛像殘片，其中的一片佛像面部極為生動逼真，有很高的藝術(shù)水平。兩座佛塔中東南面的那一座，底如方形托盤，圓柱形腰，上有一蛋糕形圓頂。其底座長寬各12.3米，總高8.4米，分為逐次遞縮的5層．座上圓柱形塔身高2米，圓頂高2.4米；佛塔從底到頂通高12.8米。塔身用麥草調(diào)和黃土脫出的方形和梯形土坯砌成。塔體中空，上部可見攀登的踏腳坑。頂上有圓孔。該塔即佛教建筑中所謂的“串堵波”，是專門用來收藏安放“舍利子”(即佛教創(chuàng)始人釋迦牟尼的尸骨，包括毛發(fā)指甲與牙齒等遺物)的。據(jù)史料記載，當(dāng)年佛教昌隆的疏勒國里，就收藏過釋迦牟尼用過的“佛浴床”、“佛缽”等遺物，如佛僧道安、智猛、鳩摩羅什等都曾在疏勒國頂禮膜拜過。西北面的另外一座佛塔有如倒置的大斗，底大頂小，底面邊長25米，寬23.6米，頂部邊長14.2米，寬12.5米；塔身殘高7米。塔身正面和兩側(cè)留有佛龕遺跡，內(nèi)中當(dāng)年有雕塑的小型佛像，現(xiàn)已剝蝕一空。此塔應(yīng)是寺院的中心建筑物，臺頂上建有鐘鼓樓或佛殿，現(xiàn)已不可見。