寺門南向，臨街，通高約13米，寬6.6米，用花崗石和輝綠石砌成，分外中里3層，外中層上部均用輝綠石作圓形穹頂尖拱門，里層上部作白色圓穹頂。頂部望月樓和塔，早已倒塌。現(xiàn)存月臺，為伊斯蘭教徒望月決定封齋、啟齋日期之用。臺3面筑“回”字形垛子，頗顯威嚴(yán)。祝圣亭在寺門東側(cè)，只存臺基。亭壁刻有元至正十年吳鑒、明萬歷三十七年李光縉撰重修碑記。奉天臺在寺門西側(cè)，東西長24.6米，南北寬24.3米，僅存墻體部分，但大量文物仍保存下來。東墻壁有一尖頂拱型正門，門楣上方刻古阿拉伯文《古蘭經(jīng)》句，西墻中部向外突出一講經(jīng)壇，壇正中一尖拱型大壁龕。南墻外壁及壇內(nèi)大小壁龕，均鑲嵌古阿拉伯文《古蘭經(jīng)》句石刻，保存完好。明善堂，原址已廢棄，現(xiàn)為兩進(jìn)式，磚木結(jié)構(gòu)，是穆斯林的禮拜堂。

　　寺內(nèi)保存明永樂五年(1407年)所頒保護清真寺及伊斯蘭教的石刻《上諭》一方。

　　清真寺是我國現(xiàn)存最早的伊斯蘭三大教寺之一，是泉州發(fā)展海外交通貿(mào)易的重要史跡，是中國與阿拉伯各國友好交往的歷史見證。1961年3月，被列為全國重點文物保護單位。