隔著鹿耳門溪與土城圣母廟相對的鹿耳門天后宮，也是以正統(tǒng)鹿耳門圣母廟自居的一座媽祖廟，宮中供奉的媽祖雕像，是采用稀有的大陸宣芝材料(檀木)雕刻而成，佛相莊嚴嫻慈，神體有蟒龍纏繞護身，座椅上還刻有8只神態(tài)各異的獅子，雕工細膩。根據專家推論，此尊神像至少有800年以上的歷史。

　　鹿耳門天后宮歷多次重修，建筑華麗，為南方寺廟閩式建筑代表，三川五門、三川殿、正殿、后殿、左右回廊貫通其間，三殿形式格局齊備。三川殿祀文衡帝君、延平郡王；正殿主祀開基媽祖，配祀四海龍王、水仙尊王；后殿奉祀觀音佛祖，陪祀文昌帝君、三官大帝、南北斗星君、十八羅漢等神紙。

　　天后宮重重飛詹，聳立于廣袤鹽田水塘之間，一路逶迤延伸至鹿耳門溪出�？�。每年農歷12月24日至翌年3月23日媽祖圣誕，廟方舉辦為期3個月的文化季活動，動員地方子弟、鄉(xiāng)紳耆宿，從臘月24日清晨的送神封印大典、御風舞開始，陸續(xù)推出賜通寶、過平安橋、迎喜神、擲懷抽四季簽、施放媽祖燈、媽祖祭等系列活動，重新體驗宗教禮俗豐富的寶藏。