清源洞位于清源山頂峰，系清源山三十六巖洞之首，十人稱之為“第一洞天”。進山門順石階而上左側(cè)立有明萬歷三十六年（公元1068年）紀(jì)德碑一方，上刻：“泉山之句載于漢書，故以名州清源是也。四方賓客，本州士庶，樂慕名勝，游覽不絕……”

　　清源洞始建于南宋紹興年間，有觀空樓、佛祖殿，裴仙祠等建筑。相傳南宋紹興年間，有裴道人因追趕一條傷害生靈的巨蟒到此，見巨蟒遁入洞中，遂覆以石，坐化于洞口，使巨蟒不能復(fù)出為禍，故此洞又名“裴仙洞”。洞頂巖石，山藤攀掛，古色蒼然。洞頂原建“千峰紫翠亭”，現(xiàn)只留下“蛻巖”、“羽化登仙”、“有仙則名”等歷代石刻數(shù)方。在清源洞的長方形臺地原址上，1998年重建了裴仙祠，觀音殿和文昌閣。

　　中峰絕頂?shù)膸r石上，有康熙六年（公元1667年）三韓曾延孔的“山海大觀”石刻。明蔡清詩云：“一上第一山，自覺眾山小”。真可謂山海奇觀，一目了然。

　　清源洞下方不遠(yuǎn)處，有明代抗倭名將俞大猷題刻。俞大猷（1503~1580年），字志輔，號虛江，泉州人，一生軍伍40余年。因抗擊倭寇，抵御外侮，功勛卓著，威名遠(yuǎn)揚，累官都督，與戚繼光同為抗倭英雄，史稱“俞龍戚虎”。后俞大猷功成引退，在石壁上親筆題“君恩山重”四大字。此石為俞大猷少年時在此讀書，翻騰跳躍，訓(xùn)練武功之地，又稱“練膽石”。在東峰古道的石壁間，尚刻有俞大猷驅(qū)逐倭寇，收復(fù)莆田的記事石刻一方，是明代抗倭的珍貴史跡。

　　清源洞的左峰，亦名東巖。其旁是遵巖，因唐代僧人可遵居此故名�？勺窠ㄓ腥�塔，遺址尚存。“嘉靖八才子”之首的王慎中曾在遵巖讀書，并著有《遵巖集》。明萬歷已酉（公元1609年）泉州太守姜志禮在巖面上手書“百丈坪”三大字，其巖石面寬闊平坦，亦為俞大猷練功習(xí)武之地。