光緒三十一年十二月九日(1906年1月3日)，張謇又將興建中的公共植物園規(guī)劃為博物苑，占地23300平方米，后擴(kuò)大為 71800平方米，建立了中館、南館、北樓和東樓。苑內(nèi)有4個(gè)陳列館，陳列自然、歷史、美術(shù)、教育四部分文物與標(biāo)本。中館為三開間中式平房，上部加蓋一間二層尖頂小樓。南館平面凸字形，為一座西式二層樓房。北樓為五開間二層中式樓房。東樓為一座X開間中式樓房。苑內(nèi)種植樹木花草，飼養(yǎng)鳥獸，并有亭榭、假山、荷池等園林建筑。1912年改稱南通博物苑。苑內(nèi)文物、標(biāo)本來源于各地人士和寺院捐贈(zèng)、售予。1914年編印的《南通博物苑品目》，共收錄文物、標(biāo)本2973號(hào)，1933年增至3605號(hào)，每號(hào) 1件至數(shù)件不等。自然部分有動(dòng)、植物活體、標(biāo)本、化石和礦物。動(dòng)物類有國(guó)外的標(biāo)本，如南洋群島的時(shí)樂鳥，印度的鱷魚，俄羅斯的斑鼠，美洲的袋鼠、蜂鳥，朝鮮的筆貝，新加坡的石蠶等標(biāo)本；植物類中有羊齒植物化石、各種果木和藥用植物；礦物類有1910年清末官商合辦的博覽會(huì)南洋勸業(yè)會(huì)結(jié)束后捐贈(zèng)的各省礦石標(biāo)本。歷史部分有金、玉石、陶瓷、拓本、 土木、車器、 畫像、卜筮、軍器、刑具、獄具等展品；美術(shù)部分有書畫、雕刻、漆塑、織繡、緙絲、編物、文具等類，其中露香園的《晝錦堂記》字繡長(zhǎng)屏12幅、沈壽繡《耶穌》像為美術(shù)精品；教育部分有科舉、私塾、學(xué)校3類，有科舉時(shí)代的考卷、夾帶、窗課，有學(xué)校教學(xué)用的教具、模型。