由于不曾受第四紀冰川的嚴重破壞，加上受人為破壞較小，山里保存了許多古老和孑遺植物以及豐富的動植物化石。在很大程度上反映了廣西北部森林原始自然本體。大山有高等植物共303科1237屬3332種，種類約占廣西全區(qū)高等植物的45%。九萬山原始森林覆蓋面達到98%以上，還有高等植物杜鵑、木蓮、野牡丹屬、百合屬等數(shù)十屬，僅屬于蘭科的野生花卉就達80多種，其中名貴珍品含笑花就有11種。這里的物種資源僅次于西雙版納，是我國第二大基因庫。山里，古代生觀音座蓮屬、石杉屬至今依然生長繁茂。國家一類保護植物、與恐龍同時代、被稱為“活化石”的桫欏在溪邊亭亭玉立，時時可見。在漫長的地質(zhì)構造運動中，九萬山形成了西北高、東南低的地貌骨架，區(qū)域內(nèi)海拔1500米以上的同峰有14座，最高處老山海拔1683米，最低處融水河口村170米，形成山體的峭陡，溪谷的深切和地形的變化多端。地勢造就了九萬山內(nèi)溪流澗水縱橫四野，飛瀑流泉隨處可見的景觀。這里水源呈星芒狀放射全區(qū)域，并形成3條主要溪谷，匯集成貝江河、中州河、陽江河和東小江河4條河流，先后注入柳江，最后到達珠江出海。數(shù)不勝數(shù)的深潭，水底的砂礫、成群結隊地從巖石下游出來的小魚、水草清亮見底，一目了然。溪水匯聚于河谷，生成九萬山許多壯觀的瀑布。