海洋動(dòng)物館最突出的而且最受人們注目的是鯨館。鯨屬于胎生的海洋哺乳類動(dòng)物，不屬于魚(yú)類，只是形狀象魚(yú)而已。本館展覽的是世人罕見(jiàn)的一只抹香鯨，重25噸，長(zhǎng)12.5米，整身占據(jù)大教室的一半。這條抹香鯨是在1985年12月在福鼎縣秦嶼海灘上捕獲的。當(dāng)時(shí)共有12只，是集體自殺中最大的一條，雌性，7歲，每小時(shí)可游10多海里，每分鐘300多米，能潛入海面以下2200米的深度，且能歷時(shí)1-2小時(shí)。抹香鯨經(jīng)濟(jì)價(jià)值和藥用價(jià)值很大，最可貴的是龍涎香，酷似麝香勝似麝香，只要吸收一點(diǎn)就會(huì)奇香撲鼻，經(jīng)久不變�，F(xiàn)在排在鯨館里的是經(jīng)過(guò)去肉留皮留骨精制的標(biāo)本，形態(tài)完整。

　　鯨館中，還展示著巨鯨骨骼，用架子撐住，占了半間教室。

　　此外，還有魚(yú)、中華白海豚、中華鱘等，最大的是網(wǎng)紋，體盤寬1.5米多，全國(guó)目前僅此一尾。還有幾只鱘是一種軟骨硬鱗由祖先遺留下來(lái)的特征。主要分布在我國(guó)沿海、長(zhǎng)江、錢塘江、珠江等處，為溯河洄游魚(yú)類，它的眷戀性很強(qiáng)。如一只被擊傷，其他同群成員都圍繞受傷的同伴，不忍舍棄。