護國寺始建于明萬歷年間，初為道教“玄帝宮”。天啟二年（1662年）毀于戰(zhàn)亂，建殿道人不知所往。天啟四年，海玉又名“不昧”，俗姓金安徽人，原為明朝將軍。經(jīng)其苦心經(jīng)營十余年，寺宇初具規(guī)模，是為丹霞山開山之祖。崇禎十一年（1638年），大地理學(xué)家，旅游探險家徐霞客親臨丹霞山考察。在影修和尚的陪同下，徐霞客考察了此地的山川、河流、人文、交通等情況，并將這些資料一一載入《徐霞客游記》，大大提高了丹霞山在全國的知明度。

　　清乾隆四十六年常怡大和尚在此初開戒壇；光緒三十年光一大和尚繼之開壇傳戒，弘揚佛法；光緒三十二年圣融大和尚在京得光緒皇帝御賜全部藏經(jīng)、袈裟、玉印、金缽。光緒皇帝還御封“黔之盤州丹霞山為西南護國叢林”，由此得名“護國寺”。光緒年間、果倧、常向曾兼任貴陽黔靈山寺、昆明筇竹寺、宜良法明寺的方丈，可謂盛極一時。

　　民國二十九年（1940年），修園大和尚丹霞開壇傳戒。同時還舉行了49天的水陸大齋，以超度前方抗日陣亡將士。此次佛事，有虛云、印光等13個省7個市的65位大德高僧參加，為丹霞山寺以來最盛大的佛事活動。

　　1949年后有眾多在護國寺出家的僧人任全國各寺的住持、方丈。其中著名者為洗塵法師，出于丹霞山，后任緬華佛教會創(chuàng)辦人，后到美國紐約創(chuàng)建紐約妙覺寺，現(xiàn)為該寺住持。時人稱譽護國寺有“高僧倍出”之說。

　　1958年丹霞林區(qū)遭到亂砍監(jiān)伐。1964年，護國寺不慎失火，殿宇被毀。雖然廟宇無存，但是，當(dāng)?shù)匦疟娂八姆接慰蜕仙骄聪愣Y佛依然如故。1981年，當(dāng)聞法師卓錫于丹霞山，與弟子演慧共同出資重建殿堂。在十分艱難的條件下，建成瓦屋三間，供奉佛像，依靠香客游人的捐助勉強度日。1983年，常聞師徒調(diào)往水星寺，丹霞山又陷入無人管理的狀態(tài)，房舍悉皆毀壞。1985年4月，縣政協(xié)委員董均榮居士在縣政協(xié)六屆二次會議期間，提交了《修復(fù)丹霞山名勝古跡，發(fā)展縣旅游事業(yè)》的讓案，倡議修復(fù)丹霞山護國寺，得到政府的重視，予以批準重建，并于1986年中秋節(jié)正式奠基。