寺原在鴻山與虎頭山夾峙之間的山坡上，殿堂畢具，雄偉莊嚴(yán)，是廈門本島以寺見稱的第二座寺院。寺后有古道通向南普陀寺以東海濱地區(qū)。兩山夾峙之間，四面通風(fēng)，每當(dāng)雨季，橫風(fēng)吹雨，雨絲交穿如織，故有“鴻山織雨”的奇觀，為廈門八大景之一。寺毀于清初“遷界”，乾隆間（1736—1795）復(fù)建。清季于兩山之間辟建“鎮(zhèn)南關(guān)”，降坡開辟通衢大道，“鴻山織雨”奇觀不復(fù)再見。

　　清光緒十五年（1889），漳州南山寺喜參和尚應(yīng)邀來寺住持，重修鴻山寺。后來喜參和尚又轉(zhuǎn)往重興南普陀寺。民國初年，蔣以德居士獨(dú)捐巨資重修殿堂樓苑。民國十三年（1924），轉(zhuǎn)逢和尚獻(xiàn)南普陀寺為十方叢林時，鴻山寺隨之收為南普陀寺的下院。

　　20世紀(jì)20年代中，廈門佛教界興起佛化運(yùn)動，有佛教青年居士蔡吉堂、葉青眼等人，發(fā)起組織“閩南佛化新青年會”，以鴻山寺地點(diǎn)適中，即以此為會址，建立“佛教宏誓會”，舉辦定期念佛會和講演會。時鴻山寺住持為臺灣青年僧人普松，他不僅全力支持，而且積極主動參加各項(xiàng)佛化活動。后來普松返回臺灣，住持由妙抉繼任。民國二十七年廈門淪陷，鴻山寺住眾大都離散內(nèi)地，一度廢圮，抗戰(zhàn)勝利后，轉(zhuǎn)由菜姑住持。