方丈院位于舍利塔南側(cè)，齋堂三圣殿東側(cè)。方丈室座北朝南，原來是彌陀殿，后來改作方丈室正房五間，硬山式，高28尺，進深35尺，面闊60尺。門額上原掛有康熙皇帝所題“松竹清幽”和乾隆皇帝手書“西峰樂界”的匾額，今已不存。在方丈室東西兩側(cè)，各有配房數(shù)間。

　　方丈室是佛寺住持居住和說法的處所。據(jù)《維摩詰經(jīng)》記載，道高德超的維摩詰居士所居住的寢室，四面各長一丈，即面積只有一平方丈，然而其限量卻是無限的，因而禪宗寺院就用“方丈室”，方丈室所在的院落為“方丈院”。

　　帝后宮帝后宮在方丈院東側(cè)，為清代帝后的行宮，因而又稱為行宮院。潭柘寺的行宮原來在方丈院南側(cè)，因這里西臨大雄寶殿，每日鐘鼓聲、誦經(jīng)聲十分喧囂，再加上香火的煙氣很大，很不利于皇帝休息。用現(xiàn)在的話說就是噪音污染和空氣污染都十分嚴重，因而在清代于方丈院東側(cè)修建了一座新的行宮院。這是一座四合院，北房三間是太后宮，高21尺，進深27尺，面闊33尺，硬山式�，F(xiàn)宮內(nèi)放有一木雕寶座，上有雕花垂花木罩，寶座上有乾隆皇帝的蠟像，其前側(cè)有侍立的太監(jiān)蠟像。太后宮的東側(cè)有耳房兩間，原來是侍侯皇帝貼身太監(jiān)的住所。在萬歲宮的南側(cè)是竹林院，院內(nèi)種有兩池名貴的“玉鑲金”竹，這里假山疊翠，環(huán)境清幽，十分雅致。

　　東房三間是御書房，是皇帝在寺留住期間讀書和辦公的地方，門額上原掛乾隆皇手書“猗玕清凈”的匾額和“石山水流動皆靜；云間山出幻且寧”的對聯(lián)，后來又將這幅匾聯(lián)移到了院中的流杯亭上。院內(nèi)原來還有配房七間，北側(cè)的三間是嬪妃宮，南側(cè)的四間是侍衛(wèi)房，后來拆除。行宮院全部房舍都是硬山式，木結(jié)構(gòu)，青灰磚墻，青灰筒子瓦覆頂。