法源寺自其初創(chuàng)至今，已有一干三百多年歷史。據(jù)《元一統(tǒng)志》記載，法源寺始建於唐朝，初名“憫忠寺”。

　　貞觀十九年(645年)，唐太宗李世民為哀悼北征遼東的陣亡將士，詔令在此立寺紀念，但未能如愿。武則天萬歲通天元年(696年)才完成工程，賜名“憫忠寺”。安史之亂時，一度改稱“順天寺”，平亂后恢復 “憫忠寺”名稱。唐末景福年間(892-893年)，幽州盧龍軍節(jié)度使李匡威重加修整，并贈建“憫忠閣”。閣甚雄偉，有“憫忠高閣，去天一握”之贊語。遼清寧三年(1057年)，幽州大地震時，憫忠寺被毀。遼咸雍六年(1070年)奉詔修復后又改稱“大憫忠寺”，從而形成今天的規(guī)模和格局。明朝正統(tǒng)二年 (1437年)，寺僧相瑢法師募資進行了修葺，易名為“崇福寺”。滿清立國后，朝廷崇戒律，在此設戒壇。雍正十二年(1734年)，該寺被定為律宗寺廟，傳授戒法，并正式改為今名“法源寺”。

　　律宗是佛教在唐代國家統(tǒng)一后，佛教內(nèi)部也需要實行統(tǒng)一的戒律以加強自己組織的情況下，由道宣創(chuàng)立的一個宗派。道宣創(chuàng)立的律宗學說，主要是“心識戒體論”。所謂“戒體”，指弟子從師受戒時，授受的作法，在心理上構(gòu)成一種防非止惡的功能。律宗把戒分為止持、作持兩門：“止持”是“諸惡莫作“，比丘持 250戒，比丘尼持348戒；“作持”是“眾善奉行”，包括受戒、說戒和衣食坐臥的種種規(guī)定。明代開國皇帝朱元璋原來出身于僧侶，鑒于農(nóng)民利用宗教起義的歷史事實，對佛教進行整頓，扶正祛邪，又保障了佛教在安定環(huán)境中的正常發(fā)展。清朝是繼承明代佛教政策的，它之所以在法源寺設戒壇，定其為律宗寺廟，意在宣揚 “諸惡莫作”、“眾善奉行”的律宗教義，對人民進行“治心”�！队�制法源寺碑文》稱:“人以為戒在是即法在是，未知其法之源也；即謂攝心明戒，亦祗知心之說，而源仍未及知也。”“源不可不達矣，(必須)識心達本源”，并且聯(lián)系社會現(xiàn)實解說“達源”乃“巨而忠國孝親，制行立事；細而飲食起居，日用常行”，還說“本皇祖勸善至意，書‘存誠’之顏，揭示萬古達源之要”，從而點明了崇尚律宗的要旨。因此乾隆四十三年(1778年)，法源寺應詔再次整修，竣工后乾隆皇帝親自來到法源寺，御書“法海真源”匾額賜寺，此匾至今仍懸掛在大雄寶殿上。乾隆皇帝還在寺內(nèi)寫下了“最古燕京寺，由來稱憫忠”的詩句。在這里，“法海真源”的意義表露的很明白，即:千條萬條戒律、刑律，都是“流”，內(nèi)心存誠才是“源”。從宗教本身的意義來講，法是梵文Dharma的意譯，通指包括佛教教義在內(nèi)的一切事物。弘揚佛教，追本溯源的話，就首先要抓住律學，從而突出了法源寺作為佛教律宗寺廟的重要地位。

　　1949年以後，這座千年古剎得到政府保護，多次撥款維修。1956年，中國佛學院在這里成立。1963年，亞洲11個國家和地區(qū)的佛教徒會議也在這里召開。1980年，創(chuàng)辦了“中國佛教圖書文物館”，使之成為佛教文化和佛學研究的中心之一。

　　中國佛學院是以培養(yǎng)僧才為目標的高等佛教院校，1956年在法源寺創(chuàng)辦，第一任院長是喜饒嘉措大師。當時設本科、專修兩科，來自全國各地的寺廟100名學僧在這里學習。1961年設研究部，1962年開辦藏語班。到1966年停辦時，已培養(yǎng)畢業(yè)生300人，他們現(xiàn)在大部分在各地寺廟中擔任住持和寺廟管理工作，少數(shù)從事佛學研究。1980年，中國佛學院恢復招生，先後設立專修、本科和研究班，招生的對象是高中畢業(yè)或具有高中以上文化程度、已有相當時間的出家經(jīng)歷、信仰堅定、律儀端正、品學兼優(yōu)、愛國愛教的青年僧人。近二十年來，中國佛學院以“教書育人，學修并重，愛國愛教，弘法利生”為教學的指導方針，培養(yǎng)學僧良好的道德品質(zhì)，并具有較高的文、史、哲知識水平及佛學造詣，使學僧在德(包括宗教情操)、智、體、美各方面全面發(fā)展，成為適應國家和佛教需要的佛教學術(shù)研究人才、寺院管理人才及海外聯(lián)誼和國際佛學交流人才。