該機場原有三條可供起降之跑道，包括被稱為北跑道的05-23跑道(原05L-23R)，與副跑道(原05R-23L)，以及被稱為南跑道的06-24跑道，其航向皆為052/232。但副跑道(原名05R-23L)經(jīng)新加坡航空006號班機事故后，目前已經(jīng)被改建為滑行道NC，除了擴充機場地面滑行的處理能力之外，并可防止航機在不良天候中，因無法清楚識別相關(guān)標(biāo)志，而誤闖入錯誤的跑道中。

　　2008年為了因應(yīng)兩岸直航、桃園航空城及自由貿(mào)易港區(qū)而日漸增加的大型飛機架次，民航局已經(jīng)規(guī)劃將兩條使用已經(jīng)超過十余年的跑道輪流重新鋪設(shè)，且北跑道將延長一百公尺，為三七六零公尺，南跑道將延長三百五十公尺，為三七零零公尺；預(yù)計2009年動工，2012年與第一航廈的外型整修、內(nèi)部裝潢翻修同年完工。

　　北跑道(05-23)：長3660公尺，寬60公尺

　　副跑道(05R-23L)：長2752公尺，寬45公尺，目前已經(jīng)改建為滑行道NC。

　　南跑道(06-24)：長3350公尺，寬60公尺