卑爾根是在1070年，由國王奧拉夫(Olav Kyrre)建立，他們在1970年慶祝建城900周年紀念。卑爾根在中世紀時是斯堪的那維亞其中一個重要城市，直到1299年前，卑爾根都是挪威的首都。而在1163年(有人說是1164年)，斯堪的那維亞首次的加冕典禮在這里舉行，當時馬格努斯埃林松(Magnus Erlingsson)在這里加冕成為挪威國王。而在十三世紀末期， 卑爾根是漢薩同盟(Hansaen)中最重要的聯(lián)絡城市。

　　卑爾根之所以成為重要城市，是因為其干鱈魚的交易。這個交易大概在1100年開始，當時漢薩同盟中的德國商人，在它們自己的社區(qū)中居住，他們使用低地德語溝通，獲得和北部挪威漁民在每年夏天到卑爾根時，和他們進行貿易的特權。到今天，仍然可以在一個叫布里根(Bryggen)的碼頭周圍地區(qū)找到當年的情況，而布里根也是獲聯(lián)合國教科文組織選為其中一個世界遺產的地方。

　　在1349年，黑死病由英國水手帶到卑爾根，并在挪威流行起來。在十五世紀，卑爾根多次受到Victual兄弟的攻擊。在1429年，他們燒掉了大半個城市，和皇家城堡。而在1536年，挪威國王預見德國人勢力漸減，迫使德國商人或成為挪威人，或是回家。而在1665年，瓦根(Vågen)之戰(zhàn)在卑爾根進行，一方為英國艦隊，另一方為荷蘭艦隊，荷蘭人獲得當地駐軍的支持。在整個十五和十六世紀，卑爾根都是斯堪的那維亞中最重要的城市，也是挪威最大的城市。直到1850年，被奧斯陸取代。而其在北挪威的貿易壟斷地位則直至1789年。

　　在1916年，卑爾根部份地方被大火摧毀。而在第二次世界大戰(zhàn)期間，卑爾根自1940年4月9日開始，納粹德軍和挪威海岸炮隊交戰(zhàn)后，就受到納粹德軍統(tǒng)治。到了1944年4月20日，一架滿載120噸炸藥的德國貨船固定在卑爾根胡斯城堡(Bergenhus)外，然后引爆，造成最少150人死亡，和令很多歷史建筑損毀。

　　而卑爾根也是盟軍轟炸的目標之一，因為當地有不少的德軍海軍設備，種種的因素造成超過100名平民喪生。

　　在1972年，卑爾根和周邊幾個市議會(Arna、Fana、Laksevåg和Åsane)統(tǒng)一，廢除了郡的制度，并形成今天的面貌。